Inaugurado el año 2002, el colegio Cardenal Juan Francisco Fresno fue el tercer establecimiento fundado por Fundación Belén Educa, con objeto de entregar educación de calidad a los niños, niñas y jóvenes de la comuna de Puente Alto, especialmente del sector Bajos de Mena.

Su funcionamiento comenzó con tan solo 868 estudiantes y 46 profesores, ofreciendo una real alternativa de progreso y desarrollo integral para las familias de la zona que buscaban fortalecer las habilidades y conocimiento de las y los niños bajo el alero de una enseñanza de alta calidad y con un fuerte sello católico y social.