Inaugurado el año 1981 Escuela Particular N°93, el colegio Padre Damián comenzó con una matrícula de tan solo 33 alumnos. En 1984, el establecimiento fue traspasado a la Corporación Molokai, fundada en 1964 por el sacerdote Gregorio Sánchez con el propósito de aportar a la expansión de la fe, educación y cultura.
Su nombre hace honor al misionero católico belga Jozef de Veuster (1840-1889), sacerdote de la Congregación de Los Sagrados Corazones, que fue canonizado en 2009 y es conocido como San Damián de Molokai, mártir de la solidaridad que atendió a personas enfermas de lepra confinadas en una isla de Hawai, donde finalmente falleció contagiado por este mal.
A lo largo de su historia, el colegio Padre Damián se ha consolidado como un referente educativo y formativo en la ciudad de La Unión, Región de Los Ríos, especialmente a partir del año 2012, año en que asume su administración la Fundación Belén Educa.
