Nuestro colegio se fundó en 1984 con el nombre de Liceo “Obispo Augusto Salinas”, al alero de la Corporación de Educación Popular Molokai. El 26 de diciembre de 2012, la administración del establecimiento fue asumida por la Fundación Belén Educa.
Entonces el colegio tenía dos cursos por nivel, pero solo de I a IV medio. El año 2015 se tomó la decisión de crecer y se abrieron los niveles de 7° y 8° básico. El año 2017 se tomó la decisión de continuar abriendo cursos hasta completar todos los niveles, así se crearon Prekinder y Kinder, para educar a niños desde el inicio de su formación e impregnar en ellos el sello católico del proyecto educativo de Fundación Belén Educa.
Ese mismo año, el establecimiento cambió su nombre por el de San Francisco de Asís de Belén y cada año ha sumado nuevos cursos. El 2022 tendrá la escolaridad completa.
